일상적인 식이로부터 중금속, 방사성동위원소, 첨가물등의 노출수준을 파악하여 위해도를 평가하는 것을 말한다. 즉, 전체집단의 실제적인 식이노출을 파악하기 위해, 개별 식품을섭취 직전의 상태로 조리하여 식품 중 잔류할 수 있는 오염물질 등을 분석한다. 총식이조사는 「시장바구니조사방식」과 「음선방식」등 2종류가 있다. 조리 전 원재료를 대상으로 하는 직접적인 식품분석보다 더 정확한 노출 평가가 가능하다.